Il reçoit une éducation musicale traditionnelle à la Birmingham School of Music, et à la Royal Academy of Music de Londres. En 1968, il obtient la bourse d'étude Mendelssohn qui lui permet de poursuivre ses études à Amsterdam avec Ton de Leeuw, et l'année suivante grâce à une autre bourse, d'aller étudier au Conservatoire de Bâle avec Klaus Huber.

Son année en Europe continentale permet à son talent de se faire mieux connaître : le concours de composition Gaudeamus (Pays-Bas) lui décerne un prix en 1968 pour ses sonates pour quatuor à cordes ; ce succès est répété en 1969 et 1970, avec Epicycle et Missa Brevis. La section italienne de l'ISCM le récompense d'une mention honorable en 1972, pour Firecycle Beta et deux ans plus tard, d'un prix spécial pour Time and Motion Study III, considéré alors comme la meilleure œuvre soumise, toutes catégories confondues.

Il est également reçu boursier de la Fondation Heinrich Strobel de la Radio SWF de Baden-Baden en 1973, un prix d'échange académique allemand pour 1976-77, et le prix Koussevitsky pour Transit, considérée comme la meilleure œuvre contemporaine enregistrée en 1978. Il est enfin décoré Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres en 1984 et Associate of the Royal Academy of Music en 1990.

De 1973 à 1986, il enseigne la composition à la Musikhochschule de Freiburg en Allemagne. De 1984 à 1987, il donne régulièrement des "masters classes " à la Civica Scuola di Musica de Milan. En 1986-87, il occupe la chaire de professeur principal de composition, au Conservatoire Royal de la Haye. Depuis lors, il est professeur à l'Université de Californie à San Diego.

La musique de Brian Ferneyhough a été interprétée dans le monde entier, et accueillie dans tous les principaux festivals de musique contemporaine en Europe : Berlin, Bruxelles, Darmstadt, Donaueschingen, Glasgow, Helsinski, Pays-Bas, Huddersfield, La Rochelle, Londres, Metz, Milan, Middelburg, Paris, Royan, Strasbourg, Venise et Varsovie.