Native de Sherbrooke, au Canada, Isabelle Panneton a étudié le piano auprès d'Irène Ducharme. Après trois ans d'études scientifiques, elle s'inscrit au Conservatoire du Québec, à Montréal. Elle y étudie l'écriture avec Magdeleine Martin, la direction d'orchestre avec Agnès Grossman et Raffi Armenian, et l'analyse et la composition avec Gilles Tremblay.

Grâce au soutien du Conseil des Arts du Canada et du Gouvernement du Québec, elle fait un séjour de trois ans en Belgique, où elle se consacre entièrement à la composition sous la direction de Philippe Boesmans (1984-1987). Elle compte à son catalogue une vingtaine d'œuvres diffusées tant au Québec qu'à l'étranger. En l985, elle se voit décerner un prix de musique de chambre au Concours National de la Société des Droits d'Exécution, et sa pièce Voilage est choisie pour représenter le Canada à la Tribune Internationale des Compositeurs de l'Unesco.

Depuis, ses œuvres sont jouées, notamment, par l'Orchestre Métropolitain, le duo

Lise Daoust - Louise Bessette, l'Orchestre de Chambre de l'Estrie, l'Ensemble Musica Nova, le duo Olga, le Quatuor Morency et le duo Marc Couroux - Julie-Anne Derome.

Isabelle Panneton a enseigné au département de musique de l'Université Concordia de 1987 à 1995. Elle est professeur agrégée à la Faculté de musique de l'Université de Montréal depuis juillet 1995 et compose actuellement des œuvres commandées par le Nouvel Ensemble Moderne et la Société de Musique Contemporaine du Québec.