Né à Mexico en 1956, il suit des études de clarinette et de composition au Conservatoire National de Musique de Mexico dans la classe de Mario Lavista, avant de partir pour les USA où il obtient le diplôme de composition de l'Université du Wisconsin-Milwaukee. En 1981, grâce au concours du British Council, il poursuit son cursus au Royal College of Music et à la City University de Londres ; il y obtient un Doctorat en Composition Musicale. Javier Alvarez se consacre plus particulièrement à la musique instrumentale et à la musique électroacoustique mixte. Il a fait partie des ensembles Circle et Metanoia, et a travaillé comme régisseur de concerts. Il a présidé le Sonic Arts Network, et a produit de nombreux projets électro-acoustiques en Grande Bretagne. Outre ses activités de compositeur et d'animateur, J. Alvarez a exercé celles de directeur artistique de la Société pour la Promotion de la Nouvelle Musique (SPNM) et de professeur de composition au Royal College of Music ainsi qu'à l'Université de Hertfordshire. Actuellement il est professeur invité à l'Académie de Musique de Malmö en Suède et à la City University de Londres. Il a reçu des commandes de solistes et d'ensembles tels que Philip Mead, Vinko Globokar, Ricardo Gallardo, Lontano, Tambuco, Los Angeles Philharmonic New Music Group, Music Projects London, L'Itinéraire, le Chicago Symphony New Music Ensemble, etc. Il a été récompensé par de nombreux prix et distinctions : le Prix de la Confédération Internationale de Musique Électroacoustique, le Prix Ars Electronica du Concours de Bourges, la Gemini Fellowship en Grande Bretagne… Depuis 1993, il fait partie du Comité National de la Création au Mexique.