Bechara El-Khoury commence ses études musicales à Beyrouth sous la direction d’Agop Arslanian tout en poursuivant ses études supérieures. Entre 1971 et 1973 il publie trois recueils de poèmes puis devient maître de chapelle à l’église Saint-Elie à Antelias, près de Beyrouth. En 1979, il vient à Paris afin de se perfectionner auprès de Pierre-Petit. En 1983, Erato enregistre un album de deux disques consacrés à sa musique symphonique avec David Lively et l’Orchestre Colonne dirigé par Pierre Dervaux. En 1985, il compose sa Symphonie op. 37 « Les Ruines de Beyrouth » en souvenir de la guerre du Liban de 1975. Son Sextuor pour violons est filmé à Tel-Aviv et fait l’objet d’une projection publique en 1997, au Carnegie Hall à New York. Depuis 1979, il est membre du jury aux concours de l’Ecole normale supérieure de musique de Paris. En 2000 il reçoit le Prix Rossini de l’Académie des beaux-arts et en 2001 est promu Chevalier dans l’Ordre national du Cèdre du Liban. En 2002, Naxos enregistre un disque entièrement consacré à sa musique symphonique avec l’Orchestre symphonique national d’Ukraine dirigé par Volodymyr Sirenko.