D'abord autodidacte, Aaron Jay Kernis suit les cours du Conservatoire de San Francisco, de la Manhattan School of Music, de l'Université de Yale et de l'Académie Américaine de Rome. La liste de ses professeurs comprend des personnalités aussi variées que Jacob Druckman, John Adams et Charles Wuorinen. Sa diversité est significative, Aaron Jay Kernis ne s'attachant pas à un style unique de composition.

Sa première œuvre orchestrale, Dream of the Morning Sky, est créée par le New York Philharmonic en 1983. Aaron Jay Kernis est lauréat de nombreux prix : le prix Pulitzer dont il est un des plus jeunes récipiendaires, le Prix de Rome de l'Académie Américaine, le Prix Stoeger attribué par la Société de Musique de Chambre du Lincoln Center. Ses œuvres ont été jouées par le New York Philharmonic, l'American Composers Orchestra, le Lark String Quartet, le New Jersey Symphony. Sa Symphony in Waves (1989) a été donnée en première audition intégrale par Gerard Schwarz à la tête du New York Chamber Orchestra. Musica Celestis, pour cordes, a été jouée pour la première fois à New York, en novembre dernier, par les mêmes interprètes. Depuis 1998, Aaron Jay Kernis est conseiller pour la musique nouvelle du Minnesota Orchestra.